La organización de las actividades sustantivas del Departamento de Investigaciones Educativas (DIE) se lleva a cabo mediante la distribución de responsabilidades. El departamento comprende una estructura colegiada como instancia de decisión máxima, una Jefatura como instancia ejecutiva que se apoya en el Comité Ejecutivo conformado por los coordinadores y un Secretario de Actas. Los cargos son rotativos y actualmente están distribuidos de la siguiente manera:

El Colegio de Profesores, que incluye a todos los investigadores del departamento, es el máximo órgano de toma de decisiones académicas, sesiona regularmente una vez al mes y define la orientación académica del DIE.

La Jefatura, a cargo de la Dra. Eugenia Roldán Vera, quien además de representar al departamento ante el Cinvestav, es responsable de la ejecución de las decisiones del Colegio de Profesores.

La Coordinación Académica del Posgrado del DIE está a cargo de la Dra. Alma Maldonado Maldonado, responsable de ejecutar y organizar el trabajo de los programas de posgrado.

La Coordinación de Difusión, bajo la responsabilidad de la Dra. Inés Dussel, se hace cargo de la organización de eventos académicos decididos colegiadamente y en cooperación con otras asociaciones académicas

La Coordinación de Biblioteca, a cargo de la Dra. Valentina Glockner Fagetti quien funge como el enlace académico con la bibliotecaria responsable: Lic. Socorro Miranda

El Comité Ejecutivo que está formado por los coordinadores en turno, el Secretario de Actas y la Jefatura, este comité es una instancia de consulta y apoyo a la Jefatura para la ejecución de decisiones académicas y administrativas del departamento.