El Departamento de Farmacología fue establecido en 2001. Desde entonces, la labor del personal académico del departamento se ha manifestado en la generación de conocimientos científicos de alto nivel en las áreas básicas y clínicas de Farmacología y en la formación de recursos humanos de alta calidad. Dicha labor ha merecido diversos reconocimientos, entre los que destacan en el 2002 Premio Nacional de la Juventud y en el 2020 el premio Pew Latin American Fellows. Uno de nuestros egresados y un profesor actual del departamento han ganado los tres premios más importantes del país para investigadores jóvenes, el premio de la Academia Mexicana de Ciencias, el premio Fundación Miguel Alemán Valdés en el área de la salud, y la cátedra Marcos Moshinsky. Es decir, miembros del departamento han obtenido estos tres premios en dos ocasiones. Así mismo, uno de los profesores del departamento obtuvo el Premio Carlos Slim en Trasplante de Órganos y Tejidos. Uno de nuestros profesores ha sido presidente de la Western Pharmacology Society y de la Asociación Mexicana de Farmacología (AMEFAR) y ha sido miembro del Consejo de la International Union for Basic and Clinical Pharmacology (IUPHAR). Dos profesores seniors del posgrado han obtenido el Premio Nacional de Ciencias y Artes.
Los Programas de Posgrado del Departamento de Farmacología han formado, al año de 2019, 187 maestros en ciencias y 102 doctores en ciencias. Nuestras investigaciones impactan de manera directa en el bienestar de la sociedad a través de su aplicación en disciplinas como la medicina, medicamentos genéricos y biocomparables, farmacovigilancia, nutrición, microbiota, obesidad, optogenética, transducción de señales, oncofarmacología, cáncer, estrés, problemas cardiovasculares y contaminación de mantos acuíferos, por nombrar algunos. Nuestros egresados se encuentran desempeñando labores de enseñanza e investigación en instituciones de educación superior a lo largo y ancho del país, así como en el extranjero. Varios de nuestros egresados también se encuentran laborando en la industria farmacéutica y en hospitales públicos del país. Esto demuestra el papel que nuestro posgrado ha jugado no solamente en la formación de recursos humanos de alto nivel, sino también en la generación de conocimientos de frontera en el área de la Farmacología con reconocimiento nacional e internacional.